Konon cerita yang berkembang turun temurun dimasyarakat, asal muasal nama Desa Hendea berasal dari kata ‘Hende’ yang berarti ” Naik. Cerita saat itu, bahwa di Kampung Lama Hendea banyak pegunungan. Disisi lain kata ‘Hendea’ juga berarti berkembang yang artinya masyarakat Desa Hendea dari tahun ke tahun semakin berkembang pesat seiring perkembangan zaman
Desa Hendea merupakan desa yang mekar dari Desa Sandang Pangan yang terbentuk dan mekar pada tahun 1997, namun sejak zaman dulu Desa Hendea sebenarnya sudah ada dan telah terbentuk tatanan pemerintahan yan yang dipimpin oleh Kepala Kampung sedangkan tatanan adat dan budaya Kampung dipimpin oleh seorang Pemangku adat yang terdiri dari Parabela, Moji, waci dan pandesuka. Zaman dahulu penduduk Desa Hendea berdomisili di Kampung Lama Sejak berdirinya, seiring dengan perkembangan jumlah penduduk, kompleksitas permasalahan pembangunan dan kemudahan akses terhadap pelayanan urusan pemerintahan & kemasyarakatan, Desa Hendea akhirnya dipindahkan oleh pemerintah pada tahun 1967 ke wilayah Koroba (yang saat ini masih digunakkan sebagai lahan perkebunan masyarakat Desa Hendea) seiring perkembangan akhirnya masyarakat Desa Hendea kembali dipindahkan di pinggir jalan oleh pemerintah pusat yang dahulu dikenal dengan nama KAWAJO-WAJO dan saat ini dikenal dengan nama Desa Hendea yang definitif dengan batas-batas sebagai berikut.
Sebelah utara berbatasan dengan desa Kaongke-Ongke dan Desa Wakaokili
Sebelah barat berbatasan dengan Kelurahan Gonda Baru, Kec. Sorawolio
Sebelah Selatan berbatasan dengan Desa Sandang Pangan
Sebelah Timur berbatasan dengan Kecamatan pasarwajo Kab. Buton
Tabel 1. Sejarah Pemerintahan Desa
| No | Periode | Nama | Keterangan |
| 1 | 1997-1999 | LA INGATI | Pelaksana |
| 2 | 1999-2006 | LA ALINJA | Definitif |
| 3 | 2006-2007 | LA ODE ZAKIR, SH | Pelaksana |
| 4 | 2007-2013 | JAMALUDIN | Definitf |
| 5 | 2013-2019 | LA ALY | definitif |
| 6 | 2019-2020 | LA ALY | Definitif |
| 7 | 2020 | LA ODE MUHAMMAD HAMID | Pelaksana |
| 8 | 2021-2022 | MULIDIN, S.Pd, M.Kes | Pelaksana |
| 9 | 2022- 2024 | LA ODE DIRHAM, S.Sos | Pelaksana |
| 10 | 2024- sekarang | LA ALINJA, S.H | Pelaksana |